Crean una herramienta pública de big data para estudiar el ADN de bacterias

22. Mayo 2015

Una publicación científica recoge los detalles de este proyecto multidisciplinar en el que participan conjuntamente investigadores y técnicos del Hospital de La Candelaria, la ULL y el ITER

Investigadores del Hospital Universitario Ntra. Sra. de Candelaria, adscrito a la consejería de Sanidad del Gobierno de Canarias y de la Universidad de La Laguna (ULL), en colaboración con el Instituto Tecnológico de Energías Renovables (ITER) de Tenerife, han desarrollado una web de acceso público que permite, entre otras cosas, ensamblar rápidamente genomas bacterianos.

Este proyecto colaborativo, denominado IonGAP, es posible gracias al uso del superodenador Teide-HPC (High Performance Computing), ubicado en el ITER y considerado en la actualidad el segundo más potente de España. IonGAP es una herramienta web de gran utilidad para estudios enmarcados en contextos clínicos y biomédicos, así como de aplicación para el área farmacéutica. Su alta capacidad de procesado permite reducir el tiempo y el coste de los trabajos de investigación que requieran el análisis exhaustivo de datos vinculados con el ADN de las bacterias.

Esta iniciativa nace del proyecto de fin de carrera del estudiante Adrián Báez (Ingeniería Informática) y de la necesidad de los investigadores involucrados en crear una herramienta integradora para el análisis de datos de secuenciación masiva de ADN.

Su puesta en marcha se realizó el 28 de noviembre de 2014 ofreciendo acceso gratuito a través del portal web http://iongap.hpc.iter.es. Hasta hoy, la herramienta IonGAP ha sido utilizada por investigadores nacionales e internacionales en 47 proyectos distintos de países como México, EEUU, Chile, Australia, India, Alemania, Inglaterra o España.

Publicación científica sobre IonGAP en la revista Bioinformatics

Sobre los primeros resultados del desarrollo de esta herramienta web, la revista científica internacional Bioinformatics, de la editorial Oxford University Press, ha publicado recientemente un artículo titulado IonGAP: integrative bacterial genome analysis for Ion Torrent sequence data, un trabajo realizado por Adrián Báez y Carlos González del Instituto Tecnológico de Energías Renovables (ITER); Fabián Lorenzo, Mariano Hernández, José Luis Roda y Marcos Colebrook, de la Universidad de La Laguna; y Carlos Flores, del Hospital Universitario Ntra. Sra. de Candelaria.

“Esta plataforma web es un recurso que persigue fomentar la utilización de datos genómicos masivos en el ámbito biomédico, enormemente facilitado por los recursos tecnológicos de altas prestaciones como los que ofrece actualmente Tenerife a científicos nacionales e internacionales. IonGAP se convierte en una herramienta informática dedicada a la clasificación, caracterización de genes e identificación de elementos y factores de patogenicidad de las bacterias cuyo sistema de análisis de datos se realiza a través del uso del superordenador Teide-HPC del ITER, reduciendo los tiempos de obtención de resultados y, por tanto, ahorrando costes a los investigadores”, explica el Dr. Carlos Flores, del Hospital Universitario Ntra. Sra. de Candelaria.

Se espera que la creación de esta web facilite la secuenciación de ADN de bajo coste y el posterior análisis de los genomas bacterianos para la prevención y control microbiológico, así como en aplicaciones de la industria farmacéutica y agroalimentaria.

El artículo completo puede encontrarse en http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/05/06/bioinformatics.btv283.abstract?keytype=ref&ijkey=EFnUdmGvfn0fVKB